こんにちは　堤真人（つつみまさと）です。

現在は助教として、筑波大学生存ダイナミクス研究センター数理生命動態研究プロジェクトに在籍し、研究をしております。

兼任として、名古屋大学大学院医学系研究科附属神経疾患・腫瘍分子医学研究センター 細胞情報統合解析部門データ駆動生物学研究室にも在籍しております。

研究内容としては、深層生成モデルを用いた形態の定量化と数理モデルを活用した社会的ストレスの定量化などに取り組んでいます。

興味・関心
  • 深層学習を用いた定量化
  • 形態計測
  • 社会的敗北ストレス
  • 定量生物学
経歴

  • 助教, 2025/12 -

    筑波大学生存ダイナミクス研究センター
    (数理生命動態研究プロジェクト：斉藤稔准教授)

  • 客員研究員, 2025/12 -

    名古屋大学大学院医学系研究科
    (データ駆動生物学分野：本田直樹教授)

  • 特任助教, 2024/10 - 2025/11

    名古屋大学大学院医学系研究科
    (データ駆動生物学分野：本田直樹教授)

  • 特任研究員, 2023/10 - 2024/9

    広島大学大学院統合生命科学研究科
    (データ駆動生物学分野：本田直樹教授)

  • 博士 (理学), 2020/4 - 2023/9

    東京大学大学院理学系研究科
    (指導教員:古澤力教授)

  • 修士 (理学), 2018/4 - 2020/4

    東京大学大学院理学系研究科
    (指導教員:古澤力教授)

  • 学士 (理学), 2014/4 - 2018/3

    東京大学理学部物理学科

Information

2025/12/1: 筑波大学TARAセンターの助教に着任しました
2025/11/12: 武田科学振興財団 医学系研究助成（基礎）に採択されました。
2025/8/14: ホームページを公開しました。

研究分野・関心分野

Deep Learning

VAE, YOLO

Morphometrics

幾何学的形態計測

Biology

定量生物学, EvoDevo

プロジェクト一覧

Morpho-VAE

MORPHO-VAE

深層学習による形態特徴抽出手法。ランドマーク不要で欠損データにも頑健なアプローチです。

深層学習 形態解析 VAE
KANADE

KANADE

シングルセルトランスクリプトミクスのバッチ効果除去技術。

シングルセル バッチ補正 VAE
🧠

社会的ストレス研究

数理モデルによる社会的ストレスの定量化。エネルギーランドスケープ解析やベイズ推論を用いた手法。

自由エネルギー原理 エネルギーランドスケープ ベイズ推論
🪰

DOLO

キイロショウジョウバエ幼虫の多個体行動解析深層学習プラットフォーム。

深層学習 YOLO 行動科学
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研究業績

3
Papers
27
Presentations
5
Invited Talks
○Masato TSUTSUMI, Nen Saito, Daisuke Koyabu, Chikara Furusawa (2023).
A deep learning approach for morphological feature extraction based on variational auto-encoder: an application to mandible shape. npj Syst. Biol. Appl. 1 (30).
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Yui Uchida, ○Masato TSUTSUMI, Shunsuke Ichii, Naoki Irie, Chikara Furusawa (2024).
Deciphering the origin of developmental stability: The role of intracellular expression variability in evolutionary conservation. Evolution & Development 26 (2), e12473
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Shunta Sakaguchi, ○Masato TSUTSUMI, Kentaro Nishi, Honda Naoki (2025).
Disentanglement of batch effects and biological signals across conditions in the single-cell transcriptome
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